La décision de mettre en ligne gratuitement sur Internet la base de données Medline produite par la National Library of medicine (NLM) américaine a été prise en juin 1997 par le gouvernement américain. Beaucoup d'entre nous ont préparé leur thèse et leurs premiers travaux après de longues journées de recherches bibliographiques dans les volumes de l'Index Medicus dans les salles de lecture de bibliothèques universitaires richement dotées. Un équipement informatique banal muni d'une connexion télématique permet de réaliser actuellement le même travail en quelques minutes.

Le vocabulaire de la recherche : le MeSH

Le MeSH (Medical Subjects Headings) est le thesaurus des termes employés pour indexer la base de données bibliographiques Medline. Il compte 19768 mots-clés que l'on appelle "descripteurs" et plus de 35000 entrées. Chaque article est indexé dans la base de données quelques jours ou quelques semaines après sa parution avec les descripteurs (15 au maximum). En fait, le MeSH est devenu le langage standard d'indexation des documents médicaux. La version française est préparée par l'INSERM. Comme notre Petit Larousse, le MeSH est le dictinnaire d'une langue vivante dont la dernière version bilingue 2000 est disponible : http://dicdoc.kb.inserm.fr:2010/ . Le toilettage annuel comporte des suppressions (16 cette année, respiratory circulation par exemple), des modifications souvent de simple syntaxe (130 cette année, Gaucher's disease devient Gaucher disease….), et l'introduction de nouveaux termes (552 pour l'an 2000; Hypokaliemic periodic paralysis ou Lymphoma, mantle-cell par exemple…)

Les descripteurs sont classés selon une arborescence qui suit la logique d'un classement de bibliothèque. Les descripteurs majeurs [MAJR] reflètent le sujet principal de l'article, les termes MeSH non majeurs [MH] décrivent un aspect secondaire de l'article. Les entrées peuvent être multiples :

Chaque interface Medline possède son propre moteur de recherche MeSH (MeSHBrowser) pour aider l'utilisateur à repérer les termes et les intégrer directement dans l'équation de recherche. La saisie de IgA nephropathy ou Berger's disease trouvera le terme MeSH : Glomerulonephritis, IGA. Des qualificatifs (80 au total) ou subheadings hiérarchisés eux aussi peuvent être liés aux descripteurs MeSH pour en préciser le sens. Dans l'équation de recherche, on écrit : terme MeSH/qualificatif. Exemple : Glomerulonephritis, IGA/epidemiology ou Glomerulonephritis, IGA/EP, hypertension/diet therapy (/DH) ou hypertension/drug therapy (/DT) tous les deux retrouvés par le simple hypertension/therapy (/TH) qualificatif père des deux précédents.

2 conseils pratiques : la saisie de Berger, Kahler, Horton sera préférée à Maladie de …. qui aboutit à une impasse; si la recherche n'aboutit à aucun résultat, il faut la reprendre en modifiant les termes de la requête.

Les opérateurs boléens sont toujours saisis en majuscules. AND permet la combinaison de 2 champs et restreint la recherche (ex : sujet X AND sujet Y, sujet AND auteur, auteur AND date de publication……). OR (en plus) élargit le champ de la recherche (hemodialysis OR peritoneal dialysis va retrouver les pages contenant l'un ou l'autre des termes ou les deux à la fois. NOT (sauf) exclut du champ de la recherche (glomerulonephritis NOT lupus nephritis…). Les opérateurs d'une équation de recherche sont lus de gauche à droite s'il n'y a pas de parenthèses avec la même logique qu'une équation mathématique !

Les dates doivent être entrées au format américain : YYYY,MM,JJ. Ne jamais introduire d'accent dans la fenêtre d'interrogation qu'il s'agisse d'une interface anglophone de Medline ou même dans le MeSH bilingue de l'INSERM.

La troncature, symbolisée par (*) permet de combiner des sujets, par exemple la recherche de Glomerulonephro* retrouvera les qualificatifs glomerulonephropathies, glomerulonephropathy, glomerulonephropaties, glomerulonephroses, glomerulonephrosis et glomerulonephrotic. Les parenthèses (" ") forcent le lien entre les mots d'une expression; renal biopsy recherchera les 2 qualificatifs séparément alors que "renal biopsy " l'effectuera de façon liée. Ces deux notions doivent être utilisées avec prudence car elles empêchent le mapping et l'explosion automatique de la recherche (voir glossaire).

Medline

Base de données de référence pour le praticien , Medline analyse 4255 titres dont 86 revues francophones. Le "Journal Database Browser" de PubMed donne accès aux titres des revues indexées. 11 millions d'articles ont été référencés depuis 1966. La mise à jour est quotidienne. Attention, l'indexation ne prend pas en compte les livres ou monographies ni les résumés de réunions scientifiques. Les interfaces d'entrée sont nombreuses, soit directes (voir supra), soit à partir d'un "portail" en cliquant sur le logo "Medline" de la page d'accueil :

• Société de Néphrologie : http://nephro.univ-lyon1.fr/sn/accueil.html
• Bibliothèque du CHR de Rouen : http://www.chu-rouen.fr/documed/medline.html
• Université de Liège : http://www.ebm.lib.ulg.ac.be/prostate/medline.htm
• Bibliothèque A.F.Lemanissier du CH du Mans : http://www.cybercable.tm.fr/~biblioa/

Deux accès dominent l'offre actuelle. Il s'agit de PubMed et d'Internet Grateful Med :

PubMed (nouveau) PubMed

Produit par le National Center for Biotechnology Information et la NLM, la mise en ligne de cette nouvelle version date du 21 septembre 1999. La mise à jour du site est effectuée toutes les semaines. Il s'agit certainement du meilleur rapport performances / simplicité d'emploi. L'utilisateur peut tout simplement saisir un mot-clé en anglais dans la zone de requête pour une recherche simple puis taper "Go".

Une recherche plus fine utilise les champs d'indexation. La syntaxe est : terme [champ]. Ceux-ci peuvent être choisis manuellement : author name [AU], date of publication [DP], language [LA]…. Mais il est conseillé de se faire assister par le menu "Index". Il faut successivement :

• choisir son champ de recherche (menu déroulant)
• saisir un terme dans la fenêtre puis taper "View"
• choisir dans la liste un ou plusieurs (touche Ctrl maintenue) termes
• l'intégrer dans l'équation de recherche avec un opérateur AND, OR ou NOT

On peut apporter une ou plusieurs (AND) limites à sa recherche avec la fonction : "Limits". Celles-ci peuvent s'appliquer par exemple à un champ, à une langue, un genre (male-female)…

La découverte de l'écran des résultats est intuitive. L'équation de recherche peut-être visualisée avec "details" et éventuellement modifiée. A tout moment il est possible de revenir en arrière vers le "MeSH Browser" ou "Index".

Intéressante, la requête "sujet AND jsubseta" limite la recherche aux 120 revues anglophones de l'"Abridged Index Medicus" qui sont les plus lues (New Engl. J Med, BMJ, Lancet….)

Voici quelques exemples de recherche et les équations correspondantes (CD Rom) .

Le parcours effectué est conservé dans "History". Il peut être retravaillé pendant toute la durée de la connexion par combinaison des numéros de recherche avec la syntaxe : # n°X AND #n°Y .

Le presse-papiers ou "Clipboard" permet de stocker les références (500 au max) au fur et à mesure du travail et de différer sauvegarde et impression.

Conderver une stratégie de recherche fréquente est possible en sauvegardant la page HTML de l'écran (menu fichier puis enregistrer sous…) en lui donnant l'extension .htm au lieu de .fcgi. En ouvrant cette page mémorisée à partir du disque dur, la connexion permet de rechercher les références actualisées; à quelques semaines d'intervalle, leur nombre augmente….

Internet Grateful Med IGM

L'interface peut paraître plus simple et plus conviviale. Le moteur de recherche est considéré comme le meilleur. Aidé par le cours de C.Boudry (3), le lecteur retrouvera des commandes très proches de PubMed. Recherche d'un qualificatif MeSH : "Find MeSH / metaterms", visualiser l'équation de recherche : "Analyse search", restreindre la recherche à certains périodiques : "Specify journals".

Mapping : c'est la liste des mots voisins ou de l'environnement logique d'un terme. Le mapping permet de remplacer un terme non MeSH par un descripteur MeSH à partir d'une table de correspondance. Dans les différentes interfaces de Medline, le Mapping est automatique sauf utilisation de (*) ou (" ") qui l'empêchent.

Explosion : c'est la recherche d'un terme MeSH introduit dans la fenêtre, mais aussi de façon automatique de tous ceux qui sont indexés en dessous dans l'arborescence MeSH.

Pondération : c'est l'utilisation des descripteurs MeSH majeurs uniquement. Syntaxe : terme [MAJR] ; à utiliser avec parcimonie car restreint la recherche.

Le silence : c'est l'absence de réponse à une requête. Il faut relancer la recherche après une modification des termes.

Le bruit : c'est au contraire l'avalanche de réponses qui invite à affiner la recherche.

Les interfaces de recherche bibliographiques sur Medline sont suffisamment conviviales et intuitives pour être utilisées à la fois par le débutant et l'utilisateur expert. Le praticien, exerçant son art dans un lieu reculé de notre planète, n'est plus isolé. Si, à notre échelle, cela s'appelle la mondialisation, qui s'en plaindra?

La rapidité d'évolution de l'Internet explique que les références proposées soient "on-line". La recherche a été faite en avril 2000 et des modifications peuvent être intervenues lorsque le lecteur en prendra connaissance. Bien vérifier lors de la lecture d'un texte qu'il soit signé et que la date de mise à jour soit explicite.

1. La Revue du Praticien médecine Générale publie chaque semaine une chronique sur l'Internet. L'intégralité de ces textes peut-être retrouvé en ligne à : http://www.webcardio.com/rdpmg/internet.htm. Lire notamment "les nouveaux habits de PubMed" par Ph.Eveillard.
2. Le site du CHR de Rouen donne sous la signature de B.Thirion des liens bibliographiques et un cours d'initiation à PubMed et IGM. Mise à jour 16 février 2000.
3. Un cours complet de PubMed et IGM très pédagogique et illustré est donné par C.Boudry de l'Ecole des Chartes. Mise à jour février 2000.